根据《市委办公室市政府办公室关于印发中共临沂市委市直机关工作委员会等19个部门单位职能配置、内设机构和人员编制规定的通知》（办字〔2019〕28号）规定，临沂市医疗保障局设下列内设机构：
办公室（挂党建工作科牌子）。负责文电、会务、督查、信息、宣传、机要、保密、档案、信访、应急、值班、安全、考核、公务接待、公务用车管理等局机关日常运转工作，承担政府信息和政务公开、建议提案办理、综合性文稿起草和新闻发布等有关工作。负责对外合作交流。负责局机关和直属单位机构编制、人事管理、社会保障等工作，组织指导本系统干部队伍建设和教育培训工作。负责局机关和直属单位党的建设和群团工作。负责局机关和宜属单位离退休人员的管理服务工作。组织起草医疗保障领域的规范性文件草案和标准，承担相关规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉等工作。牵头推进本系统行政审批制度改革和职能转变相关工作，组织编制系统内权责清单，深化简政放权，加强事中事后监管，优化权力运行流程，推进政务服务标准化。
规划财务科（挂医药价格和招标采购科牌子）。组织拟订全市医疗保障工作规划、标准并组织实施。负责编制全市医疗保障基金预决算建议草案。负责编报本部门年度预决算，负责局机关财务、资产管理工作，监督指导直属单位的财务、国有资产管理工作，负责内部审计工作。推进信息化建设，负责医疗保障数据统计分析。组织制定全市药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策并组织实施。建立价格信息监测和信息发布制度。贯彻执行国家和省药品、大型医疗设备和医用耗材的集中采购、配送以及结算管理政策并监督实施。
待遇保障科（挂医药服务管理科牌子）。组织制定全市医疗保障筹资和待遇政策，健全完善大病保险制度，统筹城乡医疗保险待遇标准。拟订机关企事业单位补充医疗保险政策和管理办法，统筹推进多层次医疗保障体系建设，建立健全医疗保障关系转移接续制度。组织医疗救助，承办中央和省、市财政相关补助资金的分配和监管工作，负责监督检查各县区医疗救助政策和救助资金的落实。组织实施长期护理保险制度改革。拟订全市医保目录和支付标准，建立动态调整机制，制定医保目录准入谈判规则并组织实施。贯彻执行国家、省异地就医管理和费用结算政策，组织拟订和完善全市异地就医管理和费用结算政策措施，组织推进医保支付方式改革。组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。
基金监督管理科。贯彻执行国家、省医疗保障基金监督管理办法，拟订全市医疗保障基金监督管理办法并组织实施，建立健全医疗保障基金安全防控机制，建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度。监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，规范医保经办业务，依法组织查处医疗保障领域违法违规行为。
机关党委。日常工作由办公室（党建工作科）承担。
